Günümüz Japonya’sında geçen “House of Ninjas”, son ninja klanı Tawara ailesinin hikayesini anlatıyor. Geçmişte yaşanan bir olaydan sonra köklerini terk etmişti ama şimdi aile, Japon tarihinin en büyük, ulusu temelden sarsmakla tehdit eden krizi üstlenmek zorunda.